1997年のアジア通貨危機により、韓国の経済は危機に瀕した。発足したばかりの金大中政権は国際通貨基金の支援とその経済政策を受け入れ、新自由主義的傾向をもつ構造改革政策によって危機を乗り切った。この時期、首相は金大中と立場を異にするものの同じく経済通と呼ばれた金鍾泌であった。IMF支援の際、日本は韓国に対するIMF緊急支援570億ドルのうち百数十億ドル分を負担した[5]。
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2003年に盧武鉉政権が発足した。盧武鉉政権は当初、歴史問題に言及しないと発言するなど、両国関係は良好であるかと思われたが、国内においては日帝強占下反民族行為真相糾明に関する特別法及び親日反民族行為者財産の国家帰属に関する特別法を制定するなど一貫して反日的な政策を取っていた。盧武鉉政権は日本時代の親日派問題の清算として、「日帝強占下反民族行為真相糾明に関する特別法」及び「親日反民族行為者財産の国家帰属に関する特別法」を制定し、反民族行為認定者の子孫の土地や財産を国が事実上没収する人権蹂躙とも取れる法を制定し、実際に「親日派」10人の子孫が所有する約13億6000万円相当の土地を没収する（2007年8月13日 読売新聞）など適用がはじまっている。
ほどなく、両国の関係は、島根県の「竹島の日条例」の制定や日本の国連常任理事国入りを目指した動き、靖国神社や歴史教科書に対する内政干渉問題もあり悪化した。民間交流のあり方も一様ではない。韓流ブームも影響して民間交流は活発化しているかに見える一方で2004年から2005年にかけては日本に対する抗議デモの影響により交流行事を韓国側からキャンセルするケースがいくつか出た。